كشفت مصادر عن وجود خلافات بين الفريق أول عبد الفتاح البرهان رئيس المجلس السيادي في السودان، والفريق محمد حمدان دقلو (المعروف باسم حميدتي) عضو المجلس، بعد أن رفض البرهان تسمية حميدتي كنائب لرئيس المجلس السيادي، الذي يتولى حكم السودان خلال الفترة الانتقالية الحالية، حيث قال مقربون من حميدتي إن الأخير طلب من البرهان إصدار مرسوم دستوي بتعيينه في منصب نائب المجلس السيادي، على اعتبار أن حميدتي كان يشغل منصب نائب رئيس المجلس العسكري، الذي تم حله بمرسوم دستوري عقب الاتفاق بين المجلس العسكري وقوى التغيير على تشكيل المجلس السيادي، وأعرب حميدتي في أكثر من لقاء علني عن عدم رضاه عن التأخر في إصدار البرهان للمرسوم الدستوري، معتبرا أنه كان جديرا بشغل منصب نائب رئيس المجلس السيادي؛ على اعتبار أنه كان يشغل نائب رئيس المجلس العسكري المنحل.
من جانبه قال المحلل السياسي والصحفي عمر جبر الله الأمين إن ما يشاع عن وجود خلافات بين الفريق أول عبد الفتاح البرهان، ومحمد حمدان دقلو قد يكون غير حقيقي، والغرض منه تعكير صفو العلاقة بين الرجلين على الصعيد الإعلامي، وأشار الأمين إلى أن حميدتي يقوم بالمهام الموكَّلة له من جانب المجلس السيادي، سواء على المستوى الداخلي أو الخارجي، وذلك من خلال توجيه القوات التابعة له المعروفة باسم قوات الدعم السريع بحفظ الأمن في العاصمة الخرطوم والمدن الرئيسية في السودان، بالإضافة إلى تكليفه خارجيا بالتفاوض مع ما يعرف باسم الجبهة الثورية؛ في محاولة لوضع حد للحروب الداخلية في مناطق الأطراف في السودان، وإقناع الحركات السودانية المسلحة التي تحمل السلاح بإلقاء سلاحها، مع التأكيد على أن السودان الجديد سوف يقوم على مبادئ الحرية والعدالة والمساواة. واعتبر الأمين أن أهم إنجاز في الفترة الأخيرة هو الاتفاق الصريح بين قوى الحرية والتغيير وباقي مكونات العمل السياسي في السودان من ناحية، وبين المجلس العسكري المنحل من ناحية أخرى، على ضرورة أن يكون إحلال السلام هو الخيار الأول لكل القوى السياسية في السودان.
